Vào năm 525 trước Công nguyên, Ai Cập đã bị đế quốc Achaemenes chinh phục. Do những xung đột nội bộ trong việc tranh đoạt ngai vàng của đế quốc Ba Tư, Ai Cập đã giành lại được độc lập vào năm 404 TCN. Vào năm 389 TCN, Pharaon Hakor đã thương lượng một hiệp ước với Athens và đã có thể chống lại cuộc xâm lược của người Ba Tư trong ba năm (từ 385 đến 383 TCN).[10] Tuy nhiên, sau khi hiệp ước của Antalcidas được ký kết vào năm 387 TCN giữa nhà Achaemenes với các thành bang Hy Lạp, Ai Cập và Síp trở thành những trướng ngại duy nhất đối với quyền bá chủ của người Ba Tư ở Địa Trung Hải.

Vào đầu năm 360 TCN, vị tiên vương của Nectanebo là Teos đã bắt đầu chuẩn bị cho cuộc chiến tranh chống lại những kẻ xâm lược. Trong cùng năm đó, quân đội Ai Cập bắt đầu khởi hành đi dọc theo bờ biển bằng cả đường bộ và đường biển. Nectanebo II đã hộ tống người bác Teos của ông trong chiến dịch này và nắm giữ lực lượng machimoi[11].

Trong một nỗ lực để nhằm xây dựng nguồn tài chính cho cuộc chiến một cách nhanh chóng, Teos đã bắt người dân Ai Cập phải chịu những loại thuế mới và tịch thu của cải từ các ngôi đền [12]. Người dân Ai Cập, đặc biệt là tầng lớp tư tế, đã bất mãn với những biện pháp này và quay ra ủng hộ Nectanebo II. Teos đã cầu xin vị vua Sparta, Agesilaus II và vị tướng người Athen là Chabrias về việc giữ sự ủng hộ dành cho ông ta.[13] Tuy nhiên, Agesilaus nói rằng ông ta được phái đến để giúp đỡ Ai Cập và không phải là để tiến hành chiến tranh chống lại nó.[13] Chabrias sau đó quay trở về quê nhà cùng với những người lính đánh thuê của mình.[13] Còn Teos thì quyết định chạy trốn đến triều đình của nhà Achaemenes.

Nectanebo đã phải chiến đấu với một kẻ tiếm vị không rõ tên tuổi đến từ thành phố Mendes, người này tự tuyên bố bản thân mình là pharaon.[13] Cuộc nổi loạn này có thể được lãnh đạo bởi một trong số những hậu duệ của Nepherites I, gia tộc của ông ta từng cai trị thành phố này trước đây [14]. Kẻ tiếm vị này đã phái các sứ giả đến chỗ Agesilaus để nhằm thuyết phục Agesilaus đứng về phía mình.[13] Tuy nhiên, Agesilaus vẫn trung thành với Nectanebo. Tại một trong số những thành phố nằm ở khu vực đồng bằng châu thổ sông Nile, đạo quân của Nectanebo và Agesilaus bị bao vây bởi kẻ tiếm vị này, ông ta đã lôi kéo được nhiều người ủng hộ. Bất chấp sự áp đảo về số lượng của kẻ thù, Nectanebo và Agesilaus đã chiến thắng và cuộc nổi loạn bị dập tắt vào mùa thu năm 360 TCN[6]. Để đền đáp Agesilaus, Nectanebo đã ban tặng cho ông ta 220 talent vàng.